Desde a Revisão Constitucional de 1982 que ficou claro que a autoridade marítima teria de deixar o âmbito da Marinha em que funcionou durante séculos, em regimes que não eram de democracia e não seriam Estados de direito. Só em 2002 foi criada a Autoridade Marítima Nacional, uma estrutura civil operada por recursos do Estado administrados pela Marinha, e cujos dirigentes eram quase só oficiais da Armada, meia-dúzia partilhando cargos nas estruturas militar e civil. A viabilidade do modelo exigia que quem o operava soubesse distinguir bem o seu papel enquanto militar do papel enquanto, por exemplo, órgão de polícia criminal. Mas isso não aconteceu e apesar da clarificação de 2012 e da reforma da defesa nacional de 2014 terem sublinhado as fronteiras referidas, a Marinha continua a diluí-las, temendo que isso acentue a retração que tem sofrido devido aos cortes orçamentais. A solução do problema passa hoje, necessariamente, pela mudança de tutela da autoridade marítima para o Ministério do Mar.