Quando nascem as flores conta a trajetória de um bem sucedido homem de negócios que sofre um acidente automobilístico, onde perde esposa e filha, passando por um longo período em estado vegetativo.

Durante o estado de inconsciência do protagonista Marcos, o livro faz uma retrospectiva de sua vida desde a infância, onde os episódios de sorte e felicidade são mesclados com condutas egoístas e levianas, as quais no futuro serão reparadas através das duras lições que a vida lhe proporcionará.

Ao recuperar-se, Marcos se dá conta de que perdeu toda a sua fortuna e, sem família ou dinheiro, passa a viver nas ruas, onde conhece um ilustre morador de rua chamado Baruch, a quem se refere como filósofo e que, nos momentos de lucidez que se alternam com seus surtos de esquizofrenia, atua como mentor de Marcos em suas desesperanças e questionamentos mais profundos.

Além dos ensinamentos do amigo Baruch, Marcos também recebe, em sonhos, a visita do guia espiritual Dimitri, que gradativamente vai conduzindo-o ao caminho da fé, do amor e da esperança.

No final da história, Marcos reencontra pessoas que fizeram parte de seu passado, através das quais uma grande reviravolta mudará novamente o rumo de sua vida.