Na cor de seus olhos conta a história de um rapaz de 14 anos de idade chamado Bruno, que acaba de se mudar para o outro lado da cidade de São Paulo, deixando tudo para trás, incluindo suas amizades, fazendo com que sua transição seja difícil para ele. Em um lugar novo e uma escola totalmente nova, Bruno começa uma busca por novas amizades e quem sabe novos amores, porém uma vastidão de acontecimentos ocorrem e sua vida toma outro rumo, envolvendo outras pessoas: sendo uma delas Thalita Lopes e seu melhor amigo, Erick.