O romance "MisericordiaetJustitia" leva-nos a uma incursão por cerca de trinta anos da nossa História e começa exactamente onde termina o romance de José Saramago “Memorial do Convento, isto é, com o auto de fé realizado em Lisboa a 18 de Outubro de 1739.Neste auto de fé vamos encontrar o herói deste romance, Sebastião, rapaz ainda moço que viera dos Açores, acusado de sodomia com um padre e que teve como condenação o desterro para o Brasil durante cinco anos, onde vai conhecer Preta Rosa (Rosa Maria Egipcíaca da Vera Cruz, ou a “Flor do Rio de Janeiro”), considerada como "santa" para o povo e como "bruxa" para o Santo Ofício.

Sebastião chega a conhecer um famoso padre de nome Gabriel Malagrida e envolve-se em novas aventuras que percorrem os derradeiros dias do reinado de D. João V, o reinado de seu filho D. José I e do seu ministro Sebastião José de Carvalho e Melo, o Marquês de Pombal, assistindo ao terramoto de 1755, à expulsão dos jesuítas de Portugal e à execução da família dos Távora e do próprio padre Malagrida.

No epílogo da acção, Sebastião assiste ao desembarque de uma frota que vinha da Bhaía. Entre os passageiros vinham escravos e condenados, mas um rosto em particular chama a sua atenção.

“Encararam-se! Evidentemente que se reconheceram um ao outro! “