Ajuíza-se que a Igreja Católica em São Tome e Príncipe nasceu no século XV-XVI, com a chegada dos primeiros missionários por volta dos anos 1493. 

Tudo aponta para que tenham chegado com a embarcação de Álvaro de Caminha, o terceiro donatário de São Tomé, 1493- 1499, tendo conseguido, em 1493, o povoamento efetivo da Ilha, cerca de 23 anos depois da chegada dos colonos portugueses, em 1470. 

Foi a segunda Diocese a ser fundada, em 1534, na África Subsariana, depois de Ribeira Grande de Cabo-Verde, em 1533.

Sob a custódia da colonização, a Igreja movia-se; diante da escravidão, a Igreja silenciava-se. 

A Igreja Católica, ao longo da história, teve uma relação ambígua com a escravidão. 

Mesmo dentro da Igreja, a relação entre padres europeus e padres africanos era difícil, marcada por preconceitos raciais.

A Igreja Católica influenciou profundamente a cultura, religião, política, educação, imprimiu outra forma de organização social, familiar e determinou padrões de moralidades.

O momento que a Igreja de São Tomé vive revela a sua resiliência ao longo da história, marcada pela determinação e zelo apostólico de muitos missionários que por estas ilhas passaram e deram vida pela fé e a dignidade da pessoa humana.